L’agricultura és una de les causes principals de la degradació de l’aigua i de l’entorn natural. La desforestació o el drenatge d’aiguamolls per establir-hi camps de conreu fragmenten els hàbitats, reduint la superfície disponible per a la vida silvestre i trencant els equilibris ecològics locals. Els insecticides, herbicides i fungicides maten moltes formes de vida que serveixen d’aliment per a les aus i altres animals.
Els fertilitzants són responsables de l’eutrofització dels ecosistemes aquàtics, és a dir, de la proliferació descontrolada d’algues fitoplanctòniques que creen zones mortes o àrees de baix oxigen on els peixos i altres formes de vida aquàtica no poden prosperar. Els productes químics que s’utilitzen en l’agricultura són responsables de la contaminació de més del 70% dels rius i aigües subterrànies a escala mundial.
“ El 38% de les masses d’aigua de la Unió Europea
estan sotmeses a la pressió de la contaminació agrícola
— Organització de les Nacions Unides per a l'Agricultura i l'Alimentació
